De acuerdo con el Plan Estratégico desarrollado por el puerto con la participación y acuerdo de la Comunidad Portuaria y de todos los sectores económicos, institucionales y sociales del entorno, la APBC ha centrado sus inversiones en la especialización de las distintas dársenas. Así, desde el año 1998, en La Cabezuela-Puerto Real se han construido el muelle Norte y Sur, realizado un dragado complementario de la zona de maniobra, se ha urbanizado el entorno y se han hecho los ramales interiores para el acceso ferroviario, con el fin de cumplir con el objetivo estratégico de especializar este muelle en tráfico de graneles sólidos y líquidos. El sector privado ha completado estas dotaciones con inversiones en grúas de última generación (13 millones de euros) y la construcción de naves para almacenamiento de mercancías (80.000 metros cuadrados de naves y 25 millones de euros).
En El Puerto de Santa María, la APBC ha apostado por el desarrollo pesquero y de actividades complementarias a la pesca. Entre 1999 y 2007 se ha construido un nuevo recinto pesquero con una inversión cercana a las 19 millones de euros con la que se ha conseguido posicionar la dársena pesquera portuense en la vanguardia del sector a nivel nacional. Paralelamente se ha producido una importante apuesta del sector privado en materia acuícola, con la instalación de empresas en la zona de dominio público portuario con proyectos de relevancia a nivel internacional.
Por último, en la dársena de Cádiz, la Autoridad Portuaria ha dirigido sus inversiones a la reordenación de los tráficos, para lo que ejecutó entre 2006 y 2009 la terminal para tráfico ro-ro del muelle Marqués de Comillas por valor de 26,1 millones de euros. La separación definitiva de los tráficos de pasajeros y mercancías vendrá de la mano de la nueva terminal de contenedores del Puerto de Cádiz, pendiente de adjudicar en próximas fechas y que cuenta con un presupuesto de 115 millones de euros. El objetivo de este plan inversor ha sido mejorar la competitividad del Puerto de la Bahía de Cádiz en materia de infraestructuras y servicios y sentar las bases para el desarrollo empresarial por parte de la Comunidad Portuaria.
Cabe recordar que las autoridades portuarias son organismos públicos con autosuficiencia financiera y de gestión, cuyo objetivo principal es la contribución al desarrollo económico y social del entorno. En este sentido, estudios realizados por la Universidad de Cádiz constatan que más de 17.700 puestos de trabajo entre directos, indirectos e inducidos (0,61% del empleo conjunto de Andalucía) dependen del Puerto de la Bahía de Cádiz.
